Der Hauptunterschied zwischen LINUX und WINDOWS sind die Dateisysteme. Windows 95 bis ME basieren auf FAT16 / FAT32 und NT / 2000 / XP auf NTFS.
Linux verwendet haupsächlich EXT2 und EXT3, aber auch ReiserFS, XFS und JFS.
Unter Linux können Windows-Partitionen problemlos ins System eingehängt (gemountet) werden und der Benutzer kann je nach erteilten Zugriffsrechten die Daten enteweder nur lesen oder aber auch bearbeiten b.z.w. vollständig löschen.
Bei Windows ist das Einhängen von Linuxpartitionen nur mit Hilfe von Zusatztools möglich.
Je nach eingesetzter Software hat man dann nur Leserechte (Freewaretools) oder Vollzugriff (Profi-Software).
Linux ist aufgrund der verwendeten Dateisysteme schon sehr viel länger in der Lage, lange Dateinamen zu verarbeiten. Dabei braucht man auch keine Rücksicht auf die Kombination 8+3 nehmen. Diese wurde vorrangig von MS-DOS eingesetzt.
LINUX unterscheidet zwischen Groß- und Kleinschreibung. In einem Verzeichnis könnten z.B. die Dateien Text.txt und text.txt liegen. Es handelt sich dann um unterschiedliche Dateien, die natürlich auch potentiell einen unterschiedlichen Inhalt haben. Unter LINUX steht es frei, wie einzelne Dateien benannt werden. Unter Windows muss man häufig auf die Dateiendung achten. So sollte z.B. bei einem Textdokument die Endung .txt sein. Unter LINUX kann man wählen: .txt, .dokument, .privat oder auch Dateinamen ohne Endung sind möglich. Der Punkt in dem Dateinamen stellt keine Trennung sondern ein ganz neutrales Zeichen in der Benennung dar. Das System erkennt anhand der Datei-internen Kennzeichnungen um welchen Dateityp es sich handelt.